《坛经》的主题：（一）“说摩诃般若波罗蜜”，揭示世人本有“菩提般若之智”。于是立“定慧不二”；“无相为体，无住为本，无念为宗”；“顿悟见性”。即以般若、定慧、三昧等而发明见性。开示本性“念念不住”，修“无念”法门。（二）“授无相戒”，直示众生身心中，自性佛，自性三宝，自性忏，自性自度等。表明了佛不外求的意趣。而答释疑问的：功德在法身，净土在自心，也符合这点。
《坛经》敦煌本以“自性”贯彻一切，比如说：“不思量，性即空寂，思量即是变化……自性变化甚明，迷人自不知见”。这是惠能门下（或再传）添加的，它非常接近数论派；数论派以“自性”（鸠摩罗什译为“世性”）为根源，由于“我思”，自性就变异而现起一切。当时慧忠便批评说《坛经》已被篡改，并称其为“南方宗旨”。印顺法师认为，这种思想不是惠能本意，但也并不是新起的；其实惠能和神会的思想更接近，神会所传的是“见佛性”、“见本性”，不用“自性”一词；“南方宗旨”主张“性是常”和“形神对立”，神会的作品也没有这种思想。神会门下看到《坛经》时，就已经被曹溪门下改动了。
思想根源：惠能继承东山“即心是佛”，树立“见性成佛”。起初达摩的“真性”禅，是《楞伽经》的如来藏说；道信以《楞伽经》的“佛心”，融合《文殊说般若经》的“念佛心是佛”；惠能再融合《大般涅槃经》的“佛性”——“见性成佛”，其内涵就更广了，本质还是一脉相传的如来藏说。但不同于《楞伽经》的“无我如来藏”，《大般涅槃经》认为“如来藏即是我”，倾向于神我论（常住不变，清净自在，周遍，离相等），所以惠能的“见性成佛”具有更浓厚的“真我”特色，更加通俗简易，也就更加适应人心。
《大涅槃经》的“佛性”、“如来藏”、“我”，只有佛能究竟明见：“诸佛世尊，定慧等故，明见佛性，了了无碍”，则明见佛性就是佛，僧亮据此提出“见性成佛”。这明确了《坛经》中“定慧等”和“见性成佛”两者的来源，同时也表明了两者的关系。
一般认为曹溪禅是顿，北方属于渐。其实他们源于同一传统，即东山“不立文字”的达摩禅，这是以《楞伽经》等为无相教的顿禅。东山传禅是 “以心传心”，以某种暗示代替语言，从而“顿令其心直入法界”；这是秘授的，不公开，“得法”的并不多。但在此之前会方便引入，道信与弘忍便融合“一行三昧”，教念佛、念净等。神秀以后，北方更加致力方便渐修，逐渐失去东山的顿入气息。神会便批评北宗，他认为初发心“一念相应”（“无念”），不借其他方便（摄心、观察次第），单刀直入才是“顿”。
惠能在曹溪，不用念佛、净心等方便；“说摩诃般若波罗蜜法”，“受无相戒” ；他直接指出“本性念念不住”，“性起念，虽即见闻觉知，不染万境而常自在”；要学人直从自己的身心去悟入（“见性”）。虽然还是言说，但到了言说的边缘（如文殊菩萨以无言示不二法门）。他将以往的秘授公开了（法如也有此作风）。惠能直指直示，弟子直了直入；这和学人的根机利钝有关，也凭借惠能自身的深彻悟入和善识根机。大乘认为法是一样的，智慧则有三乘差别；所以有理的顿悟和渐悟，行的顿入和渐入。
惠能有关顿渐的观点，和神会是大致相同的。《坛经》中惠能的看法是：“法无顿渐，人有利钝。迷即渐契，悟人顿修”；“迷来经累劫，悟则须臾间”；“何以渐顿？法即一种，见有迟疾。见迟即渐，见疾即顿。法无渐顿，人有利钝，故名渐顿”。
《坛经》中，惠能还提出了“定慧等学”，“三学等”是顿，戒定慧分别次第进修是渐。所以南宗是不假方便，直指直示的。在神会委托王维所写的《能禅师碑铭》也说：“至于定无所入，慧无所依”，表现了惠能同样的思想。定并非限于打坐，只要心不散，坐卧住行都是定。定慧是一体的，是照与光的关系；从定来看是光，从慧来看是照；所以并不是先有定而后有慧。
“无相为体，无住为本，无念为宗”。《坛经》中，这是惠能用以指导修行的，对此他的解说是：
【无相】“无相，於相而离相”；“外离一切相是无相。但能离相，性体清净，是以无相为体”。比如看心就着於心相，看净就着於净相；这会障自本性，所以要离相。无相不只是离一切相，更是因离相而显性体的清净，“自性”是以无相为体的。
【无住】“为人本性，念念不住。前念今念后念，念念相续，无有断绝（引《肇论》）。若一念断绝，法身即是离身色（属于“南方宗旨”）。念念时中，於一切法上无住。一念若住，念念即住，名系缚。於一切法上念念不住，即无缚也，（是）以无住为本（引《维摩诘经》）”。以人的“本性”念念不绝，法的“自性”也就念念不住（三世迁流）。但是众生念念系缚，往来生死。
体悟自性不住，一切法也无所住，即顿得解脱。惠能据此批评“直言坐不动，除妄不起心”的禅法。他说：“若如是，此法同无情，却是障道因缘。道须通流，何以却滞？心不住，即通流；住即被缚。若坐不动是，维摩诘不合呵舍利弗宴坐林中”。
【无念】“於一切境上不染，名为无念。於自念上离境，不於法上念生。莫百物不思，念尽除却。一念断即死，别处受生（与“南方宗旨”有关）”。一般以为“无念”是没有念，断绝一切心念。惠能认为这种“空心不思”是错的，人死了才没有念。他的“无念”是“於自念上离境，不於法上念生”。人的念是被境相（法）所役使的“妄念”，所以要“无念”，即不依境起，不逐境转。
进一步解释：“无者无何事？念者何物？无者离二相诸尘劳。真如是念之体，念是真如之用。性起念，虽即见闻觉知，不染万境而常自在”。“念”从“真如”（“性”）起，本来解脱。当体见“自性”（见无念），虽能见能听（自性的用），但念念解脱（性自空寂）。不立“境”和“念”二相，不落能所。不但没有“於境上有念”的有念，也没有“不於法上念生”的无念，即正念现前。
“无念”是从自己身心（本性念念不住）中去见性。虽以“自性”为生命当体，但不说“性在作用”。这里把“无念”解说为“无者无何事？念者念何物”，肯定自性起用的“念”，属于“南方宗旨”；它具有神我的倾向，接近胜论派的思想，胜论派便是主张以呼吸和瞬目等相来证明有“我”的；曹溪门下这种解释（洪州门下也持这种观点），说明他们为了迎合，更加简易直接了。
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